برای تشخیص آزمایشگاهی کوکسیدیوئیدومایکوز ریوی نمونه لاواژ برونکوآلوئلار، بیوپسی از ندول داخل جلدی و نمونه های بیوپسی ترانس برونشیال برای آزمایش میکروسکوپی، مطالعه سیتولوژیک و کشت مناسب هستند. مایع مغزی- نخاعی و بیوپسی از بافت های دیگر عفونی شده با کوکسیدیوئیدس ایمیتیس نیز به منظور بررسی عامل عفونت مورد آزمایش قرار می گیرند. نمونه ها باید در لوله های کشت به عوض پلیت کشت داده شوند. کوکسیدیوئیدس ایمیتیس بر روی محیط های کشت معمولی به راحتی در دمای 25 تا 30 درجه سانتیگراد در طول یک هفته رشد می کند. در مورد بلاستومایکوزیس، نمونه های خلط، مایع لاواژ برونشیال یا بیوپسی ریه برای کشت و آزمایش میکروسکوپی مورد بررسی قرار می گیرند. نمونه های خلط مربوط به بیماران با انفیلتراهای ریوی مزمن مشکوک به بیماری های نئوپلاستیک که برای بررسی های سیتولوژیک از نظر شناسایی سلول های بدخیم فرستاده می شوند ممکن است سلول های مخمری بلاستومایسس درماتیتیدیس را نشان دهند. نمونه های بیوپسی ریه ممکن است یک واکنش پیوگرانولوماتوز با فیبروز برجسته را نشان دهند. هایپرپلازی سودواپیتلیوماتوز و واکنش دسموپلاستیک بلاستومایکوزیس ریوی ممکن است شبیه کارسینومای اسکواموس سل برونکوژنیک باشد مگر اینکه در چنین بافت هایی از رنگ آمیزی های اختصاصی برای قارچ ها استفاده شود. رنگ های مرسوم مانند هماتوکسیلن-ائوزین ممکن است حضور ارگانیسم ها را آشکار نکنند. حضور لزیون های استخوانی همراه می تواند به تشخیص اشتباهی کارسینومای اسکواموس سل ریه با متاستازهای ریوی استخوانی منجر شود مگر آن که از تکنیک های کشت و رنگ آمیزی های اختصاصی استفاده شده باشد. آزمایش مستقیم از نمونه خلط، اگسوداها و بافت ها به کمک کالکوفلور سفید و پتاس می تواند سلول های مخمری بلاستومایسس درماتیتیدیس را نشان دهند. سلول های مخمری به صورت منفرد جوانه می زنند و محل اتصال بین جوانه و سلول مادری پهن و عریض است. بافت های عفونی شده که با GMS رنگ آمیزی می شوند ویژگی فوق را در سلول های مخمری به خوبی نشان می دهند. در نمونه های سیتولوژیک خلط که با تکنیک پاپانیکولائو رنگ آمیزی شده و اغلب به منظور رد کردن کانسر اولیه ریوی مورد آزمایش قرار گرفته اند نیز سلول های مخمری بلاستومایسس در صورت وجود مورد شناسایی قرار می گیرند. پاراکوکسیدیوئیدومایکوزیس ریوی با آزمایش مستقیم میکروسکوپی از خلط یا نمونه لاواژ برونکوآلوئلار، تراشه های زخم های جلدی مخاطی مورد شناسایی قرار می گیرد. فرم مشخصه مورفولوژیک حالت مخمری پاراکوکسیدیوئیدس به شکل "سکان کشتی" با دیواره ضخیم می باشد که در نمونه های بیوپسی بافتی نیز قابل تشخیص است. حضور جوانه های متعدد این مخمر را از کریپتوکوس نئوفرمنس و بلاستومایسس درماتیتیدیس متمایز می کند. آزمایش هیستوپاتولوژیک بافت های عفونی شده با پاراکوکسیدیوئیدس برازیلینسیس که با تکنیک های هماتوکسیلن- ائوزین یا PAS یا GMS رنگ آمیزی شده اند یک فرآیند پیوگرانولوماتوز با انفیلتراسیون پلی مرفونوکلئرها، سلول های منونوکلئر، ماکروفاژها و سلول های غول چند هسته ای را نشان می دهند. تشخیص پنی سیلیوز مارنفئی به وسیله بررسی گسترش مستقیم میکروسکوپی و کشت از لزیون های نکروتیک ناف دار به آسانی میسر است. نمونه های دیگر که می توانند مورد بررسی قرار گیرند شامل آسپیره های مغز استخوان و یا عقده های لنفاوی محیطی می باشند. روش های تشخیصی فوق به روش های تهاجمی دیگر نظیر لاواژ برونکوآلوئلار ترجیح داده می شوند. اسپوروتریکوزیس ریوی عمدتا در مردان مسن تر با یک پنمونی حفره دار مزمن نوعا در لوب فوقانی دیده می شود. بیماران ممکن است همچنین دارای تاریخچه ای از سوء مصرف الکل یا دیابت ملیتوس داشته باشند که سپس به آن یک آسیب نامحسوس سیستم ایمنی اضافه شده باشد. تظاهرات اولیه اسپوروتریکوزیس ریوی شامل سرفه های شدید، تب، کاهش وزن، آنورکسی، دیس پنه و هموپتیزی است. کلسیفیکاسیون و لنفادنوپاتی ناف ریه غیر معمول است. تشخیص از طریق لاواژ برونکوآلوئلار و یا به وسیله بیوپسی بنا می شود. کشت های خون معمولا منفی هستند. در کریپتوکوکوزیس ریوی کشت های خون، مایع مغزی نخاعی، BAL و بیوپسی از نمونه های پوست به تشخیص کریپتوکوکوزیس کمک می کنند. تیترهای آنتی ژن کریپتوکوکال در نمونه های سرم و مایع مغزی نخاعی نوعا به سطوحی بالاتر از یک هزارم (1:1000) افزایش می یابند. آشکار سازی ارگانیسم در نمونه های بیوپسی می تواند به وسیله رنگ آمیزی با موسیکارمین یا آلسین بلو انجام شود. در کاندیدیازیس ریوی بیوپسی از بافت ریه تنها راه تشخیص قابل اطمینان در بیماران مبتلا است. حضور گونه های کاندیدا در نمونه های BAL بیماران دارای انفیلتراهای ریوی به طور کافی غیر اختصاصی است و بنابراین به تشخیص قطعی کمک نمی کند. تریکوسپورونوزیس ریوی و منتشره ناشایع است اما در بیماران گرانولوسیتوپنیک و دریافت کنندگان داروهای کورتیکوستروئیدی غالبا عفونت های مهلکی هستند. تظاهرات کلینیکی به وسیله فونژمی مقاوم به درمان، فونگوریا، اختلال عملکرد کلیوی، لزیون های پوستی، کوریورتینیت و پنومونی مشخص می شود. انفیلتراهای ریوی پنومونی تریکوسپورون شامل برونکوپنومونی ناشی از آسپیراسیون از یک منبع اوروفارنژیال یا چندین انفیلترای ریوی ندولار ناشی از انتشار هماتوژنوس است. نمونه های بیوپسی لزیون های جلدی عموما آرتروکونیدی های تیپیک، بلاستوکونیدی، سودوهایفی، هایفی حقیقی و تهاجم عروقی را نشان می دهند. تست سرمی لاتکس آگلوتیناسیون کریپتوکوکی معمولا مثبت است به دلیل این که آنتی ژن های مشترک و مشابه مابین تریکوسپورون بیژلی و کریپتوکوکوس نئوفرمنس وجود دارد و در نتیجه واکنش متقاطع حاصله موجب پاسخ مثبت در این تست می شود.